Родился 24 июля 1966 года в Москве. С 1973 по 1984 годы обучался в Московской средней специальной музыкальной школе им. Гнесиных по классу скрипки и композиции.

В 15-летнем возрасте поступил чтецом в храм Воскресения Словущего на Успенском вражке (г. Москва). С 1983 года иподиаконствовал у митрополита Волоколамского и Юрьевского Питирима (Нечаева) и работал внештатным сотрудником Издательского отдела Московского Патриархата.

В 1984 году, по окончании школы, поступил на композиторский факультет Московской государственной консерватории.

В 1984-86 годах служил в армии.

В январе 1987 года по собственному желанию оставил обучение в Московской консерватории и поступил послушником в Виленский Свято-Духов монастырь.
 
19 июня 1987 года в соборе Виленского Свято-Духова монастыря пострижен в монашество, а 21 июня в том же соборе рукоположен во иеродиакона архиепископом Виленским и Литовским Викторином.

19 августа 1987 года в Пречистенском кафедральном соборе г. Вильнюс рукоположен во иеромонаха архиепископ Уфимским и Стерлитамакским Анатолием (ныне архиепископ Керченский) по благословению архиепископа Виленского и Литовского Викторина.

В 1988-1990 гг. служил настоятелем храмов в г. Тельшяй, с. Колайняй и с. Титувенай Виленской и Литовской епархии.
 
В 1990 г. назначен настоятелем Благовещенского кафедрального собора г. Каунас.

В 1990 г. в качестве избранного делегата от духовенства Виленской и Литовской епархии участвовал в Поместном Соборе Русской Православной Церкви, избравшем Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

В 1989 г. заочно окончил Московскую Духовную Семинарию, а в 1991 г. Московскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия.

В 1993 г. окончил аспирантуру МДА.

В 1991-1993 гг. преподавал гомилетику, Священное Писание Нового Завета, догматическое богословие и греческий язык в МДАиС.
 
В 1992-1993 гг. преподавал Новый Завет в Православном Свято-Тихоновском богословском институте и патрологию в Российском православном университете святого апостола Иоанна Богослова.

В 1993 г. был направлен на стажировку в Оксфордский университет, где под руководством епископа Диоклийского Каллиста работал над докторской диссертацией на тему «Преподобный Симеон Новый Богослов и Православное Предание», совмещая учебу со служением на приходах Сурожской епархии.

В 1995 г. окончил Оксфордский университет со степенью доктора философии.

С 1995 г. работал в Отделе внешних церковных связей Московского Патриархата, с августа 1997 г. в должности секретаря по межхристианским связям.

В 1995-1997 гг. преподавал патрологию в Смоленской и Калужской Духовных Семинариях. В 1996 г. читал курс лекций по догматическому богословию в Свято-Германовской православной духовной семинарии на Аляске (США).

С января 1996 г. состоял в клире храма св. вмц. Екатерины на Всполье в г. Москве (Подворье Православной Церкви в Америке).

С 1996 по 2004 был членом Синодальной богословской комиссии Русской Православной Церкви.

В 1997-1999 гг. читал курсы лекций по догматическому богословию в Свято-Владимирской духовной семинарии в Нью-Йорке (США) и по мистическому богословию Восточной Церкви на богословском факультете Кембриджского Университета (Великобритания).

В 1999 г. Свято-Сергиевским православным богословским институтом в Париже удостоен степени доктора богословия.

На Пасху 2000 г. в Свято-Троицком храме в Хорошево (г. Москва) митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом возведен в сан игумена.

Решением Священного Синода от 27 декабря 2001 игумену Илариону (Алфееву) по возведении в сан архимандрита определено быть епископом Керченским,  викарием Сурожской епархии.

На Рождество 2002 г. в Смоленском кафедральном соборе митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом возведен в сан архимандрита.

14 января 2002 г. в Москве, в Храме Христа Спасителя, рукоположен во епископа. Хиротонию совершил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий в сослужении десяти архипастырей.

Определением Священного Синода от 17 июля 2002 г. назначен епископом Подольским, викарием Московской епархии, главой Представительства Русской Православной Церкви при европейских международных организациях.

Определением Священного Синода от 7 мая 2003 г. назначен епископом Венским и Австрийским с поручением временного управления Будапештской и Венгерской епархии и с сохранением должности Представителя Русской Православной Церкви при европейских международных организациях в Брюсселе.

1 февраля 2005 года избран приват-доцентом богословского факультета Фрибургского университета (Швейцария) по кафедре догматического богословия.

24 августа 2005 года удостоен Макриевской премии за труд "Священная тайна Церкви. Введение в историю и проблематику имяславских споров".

По благословению Святейшего Патриарха и Священного Синода епископ Иларион несет многочисленные общецерковные послушания, представляя Русскую Православную церковь на различных международных и межхристианских форумах: является членом Исполнительного и Центрального комитетов Всемирного Совета Церквей, Президиума богословской комиссии ВСЦ «Вера и церковное устройство», Постоянной комиссии по взаимоотношениям между Православными Церквами и ВСЦ, Постоянной комиссии по диалогу между Православными Церквами и Римско-Католической Церковью, Постоянной комиссии по диалогу между Православными Церквами и Всемирным Альянсом Реформатских Церквей, Постоянной комиссии по диалогу между Русской Православной Церковью и Евангелическо-Лютеранской Церковью Финляндии, Постоянной комиссии по диалогу между Русской Православной Церковью и Евангелическо-Лютеранской Церковью Германии.

Член редакционной коллегии журналов «Богословские труды» (Москва), «Церковь и время» (Москва), «Вестник Русского христианского движения» (Париж-Москва), «Studia Monastica» (Барселона), научно-исторической серии «Византийская библиотека» (Санкт-Петербург).

Награжден грамотами Святейшего Патриарха Московского и всея Руси (1996 и 1999), медалью «За мужество и самопожертвование» Литовской Республики (1992), медалью блгв. кн. Константина Острожского Польской Православной Церкви (2003).

Автор более 500 публикаций, в том числе монографий по патристике, догматическому богословию и церковной истории, а также переводов творений Отцов Церкви с греческого и сирийского языков.

Автор ряда музыкальных произведений, в том числе "Божественной литургии" и "Всенощного бдения" для хора без сопровождения, "Страстей по Матфею" для солистов, хора и оркестра.

См. также:

http://bishop.hilarion.orthodoxia.org/

http://www.ortho-rus.ru/cgi-bin/ps_file.cgi?2_2925